Na terenie Nadleśnictwa położone są trzy obszary chronionego krajobrazu:

Obszar Chronionego Krajobrazu Wschodniego Pogórza Wiśnickiego utworzony Rozporządzeniem nr 76/05 Wojewody Małopolskiego z dnia 27 grudnia 2005 r.; obejmuje powierzchnię 29 984 ha, w tym na terenie Nadleśnictwa 2 731 ha. Na Obszarze wprowadzone są ustalenia dotyczące czynnej ochrony ekosystemów leśnych, nieleśnych oraz wodnych, w celu zachowania ich trwałości i różnorodności biologicznej. Obszar cenny pod względem przyrodniczym, jest to rejon styku i mieszania się gatunków górskich i nizinnych. Wśród zbiorowiska leśnych dominuje buczyna karpacka oraz żyzne jedliny i grądy. Zachowanie niewielkiego stopnia urbanizacji sprzyja utrzymaniu cennych walorów przyrodniczych i krajobrazowych.

Obszar Chronionego Krajobrazu Zachodniego Pogórza Wiśnickiego utworzony Rozporządzeniem nr 10/06 Wojewody Małopolskiego z dni 21 lutego 2006 r. Powierzchnia całkowita obszaru wynosi 14 242 ha, w tym na terenie Nadleśnictwa 1 139 ha. Na Obszarze wprowadzone są ustalenia dotyczące czynnej ochrony ekosystemów leśnych, nieleśnych oraz wodnych, w celu zachowania ich trwałości i różnorodności biologicznej. Obszar ten jest cenny pod względem przyrodniczym. Wśród zbiorowisk leśnych dominuje buczyna karpacka oraz żyzne jedliny i grądy.

Bratucicki Obszar Chronionego Krajobrazu utworzony Rozporządzeniem nr 71/05 Wojewody Małopolskiego z dnia 27 grudnia 2005 r.; obejmuje powierzchnię 16 988 ha i położony jest na terenie części gmin: Bochnia, Borzęcin, Brzesko, Rzezawa i Szczurowa. Na terenie Nadleśnictwa Brzesko zajmuje trzy kompleksy Leśnictwa Jodłówka o powierzchni 1 043 ha. Obszar ten jest cenny pod względem przyrodniczym. Różnorodność nisz ekologicznych sprzyja bogactwu florystycznemu i faunistycznemu, a stosunkowo niewielkie przekształcenie środowiska nie wpływa ujemnie na stan przyrody obszaru. Ekosystemy leśne stanowią najcenniejszy składnik szaty roślinnej Obszaru. Przeważającym zbiorowiskiem leśnym jest zespół grądu a także boru mieszanego i wilgotnego.